Antes de que se fundó la Iniciativa Kino para la Frontera en enero de 2009, se hizo una evaluación para determinar si se debería inaugurar un nuevo ministerio para los migrantes en la frontera entre Arizona y Sonora. Se entrevistó a participantes potenciales en ambos lados de la frontera, e identificaron la necesidad de asistencia humanitaria para los migrantes deportados en Nogales, México; la vulnerabilidad de las mujeres y los niños al abuso y la explotación y la oportunidad de mejorar la conciencia sobre la realidad de la migración y sus efectos. Por el hecho de que la migración es un fenómeno multinacional, se recomendó que un nuevo proyecto tenga un alcance binacional.
A la luz de esta retroalimentación, la Iniciativa Kino para la Frontera se estableció para trabajar con un pie a cada lado de la frontera de México en Nogales, Arizona y Nogales, Sonora México. Por ser organización basada en la fe, la IKF se esfuerza por responder a las necesidades más críticas respetando la dignidad otorgada por Dios a la persona humana y fomentando la solidaridad binacional a través de la asistencia humanitaria, la educación y la investigación e incidencia.